Эффективное проектирование праймеров с PerlPrimer
PerlPrimer — это бесплатное, открытое приложение, предназначенное для проектирования праймеров в различных техниках ПЦР. Оно предоставляет удобный графический интерфейс, который упрощает процесс проектирования праймеров для стандартной ПЦР, бисульфитной ПЦР, ПЦР в реальном времени (QPCR) и секвенирования. Ключевые функции включают расчет потенциальных димеров праймеров, извлечение геномных и cDNA последовательностей из Ensembl и возможность проводить BLAST-поиск для праймеров. Результаты могут быть сохранены или экспортированы в формате, разделенном табуляцией, совместимом с таблицами, что повышает удобство использования для исследователей.
Приложение использует продвинутые алгоритмы для обнаружения ORF и островов CpG, и позволяет пользователям добавлять последовательности клонирования, обеспечивая их в рамках. С высокой точностью предсказания температуры плавления на основе термодинамических параметров Дж. Санта Лючии, PerlPrimer оптимизирует проектирование праймеров для максимальной выходности. Оно совместимо с несколькими платформами, работает на Windows, GNU/Linux и Mac OS X, что делает его универсальным инструментом для биоинформатики и приложений ПЦР.
